גורמים בענף הביטוח טוענים לבעיות רבות בתפעול השוטף של המסלקה הפנסיונית ולחוסר היערכות מצד הסוכנים לעבודה מול המערכת, בגינן היה ראוי להעלות את המסלקה בשלב מאוחר יותר.
מבדיקה שערכה מערכת עדיף עם מספר מנהלי מערכות מידע בחברות הביטוח עולה הטענה כי על אף המהלך המבורך, המערכת 'בוסרית' ואינה בשלה עדיין לפעילות מלאה. לדבריהם, עד כה הוגשו למסלקה בקשות ספורות בלבד מטעמו של כל גוף, כאשר היקף הפעילות המצומצם מונע תהליך מקיף של למידה וטיפול. "היה צורך בבדיקה מקדמית וגרסת הרצה מאחורי הקלעים בטרם השקתו של פרויקט בהיקף כה משמעותי כמו המסלקה", אומר גורם בכיר באחת מחברות הביטוח. עוד הוסיף הבכיר כי החברה הקצתה משאבים רבים ואף הקימה חמ"ל מיוחד על מנת שהתהליך יהיה אוטומטי, "אך בסופו של יום אין מתאם בין כך לבין המצב בשטח. המסלקה עלתה בשל לחץ ופוליטיקה פנימית", אמר. טענות נוספות עולות בנוגע למוכנותה של המסלקה בקליטת נתונים, ולבעייתיות במתן שירות וזמן תגובה ארוך לשאלות ובטיפול בתקלות.
היעדר מוכנות מצד סוכני הביטוח הוא נושא בעייתי נוסף. הרוב המכריע של הסוכנים, טוענים גורמים בענף, אינו ערוך לעבודה מול המסלקה ואינו ערוך לקבל את המידע ולהפיק ממנו ערך. ההערכה היא כי חלק מהסוכנים אינו מתייחס כרגע למיזם וממתין להתבהרות נושאים נוספים כמו ייפוי כוח.
ממשרד האוצר נמסר בתגובה כי "המסלקה הפנסיונית הושקה לאחר סיומו המוצלח של תהליך אינטגרציה שתחילתו בסוף פברואר 2013 וסיומו עם העלייה לאוויר של המסלקה, בתאריך ה-28 ביוני 2013, כפי שתוכנן במקור. בשל מורכבות המערכת והטמעתה בלמעלה מ-100 גופים מוסדיים, קבע האוצר כי מתכונת העבודה בחודשים הראשונים תהיה מדורגת, וזאת כדי לתת ארכה וזמן טיפול מספק בהטמעת התהליכים, ובטיוב הממשקים המורכבים. מטבע הדברים, בהעלאת מערכת מורכבת עם מספר כה רב של משתמשים ישנם חבלי לידה. למותר לציין כי כל הפניות נענות על ידי צוות המוקדנים של המסלקה תוך מספר שניות לפניה בממוצע, ותוך עדכון הפונים בסטטוס הטיפול, כפי שנקבע בתנאי המכרז".